Mise en place en 1980 suite à la promulgation de la loi 80-05 du 1er mars 1980 relative à l’exercice de la fonction de contrôle par la Cour des comptes, cette dernière est régie actuellement par l´ordonnance n° 95-20 du 17 juillet 1995, modifiée et complétée par l’ordonnance 10-02 du 26 août 2010, qui détermine ses attributions, son organisation et son fonctionnement ainsi que la sanction de ses investigations.
Elle dispose dans le cadre de l’exercice de ses missions, de l’indépendance nécessaire garantissant la neutralité et l’objectivité de ses travaux. Les procédures de fonctionnement et le statut particulier conféré à ses magistrats confortent cette assertion.
Elle contribue, de par ses attributions, au renforcement de la prévention et de la lutte contre les diverses formes de fraude et de pratiques illégales ou illicites.
La Cour des comptes établit un rapport annuel qu'elle adresse au Président de la République.