Les procédures de contrôle sont prévues par l’ordonnance 95-20 modifiée et complétée relative à la Cour des comptes et le décret Présidentiel 95-377 fixant le règlement intérieur. 

Il s’agit notamment de la procédure de contrôle de l’apurement des comptes  des comptables publics et de la procédure de contrôle de la qualité de gestion des organismes et services publics visés par les articles 7 à 10 de l’ordonnance précitée.  

Outre ces deux procédures, à l’occasion du contrôle de la qualité de la gestion des organismes, les faits passibles d’être déférés devant la chambre de discipline budgétaire et financière (CDBF) relevés par la chambre compétente, suite à la commission par un agent d’une faute susceptible d’entrer dans le champ d’application de l’article 88 de l’ordonnance suscitée, un rapport circonstancié est dressé dont, sa communication au censorat général pour conclusion écrites, enclenche par sa transmission à la CDBF, la procédure suivie en la matière  . Cette même procédure est enclenchée en cas de saisine externe.

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