La Cour des comptes est organisée en chambres à compétence nationale (au nombre de huit), en chambres à compétence territoriale (au nombre de neuf) et une chambre de discipline budgétaire et financière (CDBF). Les formations de contrôle sont subdivisées en sous-sections, dont le nombre n’excède pas quatre (04). La CDBF est organisée en formation d’instruction et en formation de jugement.
La Cour est dirigée par un président nommé par le président de la République, assisté d´un vice-président.
Le rôle du ministère public au sein de la Cour des comptes est assuré par un censeur général assisté de censeurs.
Elle dispose également d´un greffe central confié à un greffier principal assisté de greffiers, aussi bien au niveau des chambres nationales que des chambres territoriales.
d’ordre général et le bureau de la traduction, est ordonnateur principal et peut de ce fait, déléguer sa signature aux responsables des services administratifs de la Cour dans les conditions fixées par la législation et la réglementation en vigueur.
L’animation, le suivi et la coordination des structures techniques et administratives sont assurés par le secrétaire général en sa qualité d’ordonnateur principal, sous l’autorité du président de la Cour des comptes.