La Cour de comptes est investie de compétences très larges en matière de contrôle. Ces missions consistent notamment en la vérification des conditions d'utilisation et l’appréciation de la gestion des ressources, moyens matériels et fonds publics par les organismes entrant dans son champ de compétence et de la conformité de leurs opérations financières et comptables par rapport aux lois et règlements en vigueur. L’objectif étant de favoriser l'utilisation régulière et efficiente de ces ressources et à promouvoir l’obligation de rendre compte et la transparence dans la gestion des finances publiques.

L’institution contribue également, dans le cadre de ses attributions, au renforcement de la prévention et de la lutte contre les diverses formes de fraudes et de pratiques illégales ou illicites.

Elle exerce ces attributions juridictionnelles par voie d´arrêt dans le cas de l´apurement des comptes des comptables publics, de la reddition des comptes et de la discipline budgétaire et financière pour les fautes et irrégularités commises par les gestionnaires. Elle exerce ses attributions administratives à travers le contrôle de la qualité de la gestion au plan de l´efficacité, de l´efficience et de l´économie.
Elle peut être saisie par le Président de la République, le premier ministre, le Président de l’Assemblé national et le Président du Conseil de la nation pour étudier des dossiers d'importance nationale.

Enfin, elle est également consultée, sur les avant-projets de loi portant règlement budgétaire et sur les avant-projets de textes relatifs aux finances publiques.